Исторический требл
Перед началом сезона 2009/10 пост главного тренера «Баварии» занял Луи Ван Гал, который перед этим привел команду «АЗ Алкмаар» к победе в чемпионате Голландии. Летом 2009 года Ван Гал был не единственным новым лицом на Зэбенерштрассе: в баварскую столицу перебрались Арьен Роббен («Реал» Мадрид) и Марио Гомес («Штутгарт»).
Новый тренер в начале сезона решил дать шанс тогда еще неизвестным игрокам, воспитанным в стенах мюнхенского клуба, Томасу Мюллеру и Хольгеру Бадштуберу.
Дубль 2010 под руководством Ван Гала
После переменного старта сезона «Бавария» постепенно улучшала качество игры и вскоре уже радовала болельщиков ярким, атакующим футболом. Такая тенденция привела к победам в чемпионате и Кубке Германии в 2010 году. Из-за поражения от «Интера» 0:2 в финале Лиги чемпионов в Мадриде «Баварии» не удалось оформить требл, но, несмотря на это, сезон 2009/10 вошел в историю, как один из самых успешных в истории мюнхенского клуба.
В 2009 году в центре внимания был и Ули Хёнесс. После 30 лет работы в качестве генерального менеджера он в ноябре 2009 года занял пост президента клуба, став преемником Франца Беккенбауэра, который удостоился звания почетного президента. Йонкер вместо Ван Гала
Новый сезон начался для «Баварии» с победы в Суперкубке, который был снова введен НФЛ. Тогда мюнхенцы одержали победу 2:0 над «Шальке», к сожалению, этим триумфом трофеи «Баварии» в сезоне 2010/11 ограничились. Кубок Германии закончился поражением в полуфинале от «Шальке», а из Лиги чемпионов мюнхенский клуб вылетел из 1/8 после неудачного выступления в матче с «Интером».
В Бундеслиге тоже все шло не по плану. Рекордсмен по количеству чемпионских званий был в шаге от того, чтобы упустить место в Лиге чемпионов. Ван Гал покинул свой пост, обязанности тренера временно взял на себя его помощник Андрис Йонкер, который и привел команду к третьему месту в чемпионате. Это обеспечило проход в квалификационный раунд еврокубка.
Летом 2011 года в третий раз в своей карьере пост главного тренера «Баварии» занял Юпп Хайнкес. 66-летний Хайнкес сразу нашел подход к команде, и вскоре она одержала победу над «Цюрихом» 2:0 и 1:0 и получила путевку в групповой этап Лиги чемпионов, который прошла с блеском. «Базель» (1/8), «Марсель» (четвертьфинал) и «Реал» (полуфинал) не смогли остановить «Баварию» на пути к финалу на «Альянц Арене». Драма на домашнем стадионе
Однако ожидание того, что родные стену помогут, не оправдалось: основное время эмоционального и напряженного матча с «Челси» закончилось счетом 1:1. Экстра-таймы не принесли результата, а в серии пенальти англичане одержали верх.
Выиграть кубок главного европейского турнира на родной земле не удалось, разочарование было колоссальным. Первый сезон под руководством Хайнкеса закончился глобальным вторым местом: в Бундеслиге и в Кубке Германии «Бавария» уступила лидерство «Баруссии» Дортмунд.
Следующий сезон стал для «Баварии» самым успешным в истории, и этого следовало ожидать: Маттиас Заммер, сменивший Кристиана Нерлингера на посту спортивного директора клуба, олицетворял собой жажду успеха. Череда рекордов после горького разочарования
Сезон 2012/13 начался с победы в Суперкубке над главным конкурентом дортмундской «Боруссией». Доминирование команды, которую прозвали «СуперБаварией», было очевидно в течение всего сезона. 23-тий титул чемпионов Германии мюнхенцы закрепили за собой уже в 28 туре. В конечном итоге команда Юппа Хайнкеса набрала 91 очко, опередив преследователя «Боруссию» на 25 очков. Другие показатели: 29 побед, разница забитых и пропущенных мячей – 80:18.
Когда в полуфинальных матчах с «Барселоной» «Бавария» в сумме одержала победу 7:0 (4:0 в Мюнхене, 3:0 в Барселоне), стало очевидным, что в этот раз она полна решимости выиграть кубок Лиги чемпионов во что бы то ни стало. За упущенным финалом в Мюнхене последовал финал на «Уэмбли», где героем матча стал Арьен Роббен. На 89-ой минуте голландец вырвал победу 2:1 в немецком противостоянии против «Боруссии» Дортмунд. Пятый триумф в Лиге чемпионов положил конец 12-летней безуспешной серии в главном европейском турнире.
В Кубке Германии тоже удалось взять реванш, хоть уже и в четвертьфинале. После победы 6:1 над «Вольфсбургом» в полуфинале последовал финальный матч против «Штутгарта» на Олимпийском стадионе в Берлине. Швабам не удалось подпортить «мюнхенцам» жизнь, и «Бавария» стала седьмым европейским и первым немецким клубом, оформившим требл.
В сезоне 201314 Юппа Хайнкеса на посту главного тренера сменил испанец Пеп Гвардиола, а состав пополнился Марио Гётце.